Вода в бассейне может быть загрязнена не только механическими частицами, от которых можно избавиться с помощью фильтра, но и микроорганизмами (бактериями), попадающими из атмосферы или занесенными самими купальщиками. В стоячей воде бактерии очень быстро размножаются, вода мутнеет, появляются водоросли.
Для решения этой проблеммы необходимо применять дезинфицирующие средства.

Существует довольно большой спектр средств для биологической очистки воды. Таблетки хлора, активного кислорода, противоводорослевые и осветляющие воду вещества.